Definicja
Stężenie wirusa SARS-CoV-2 to liczba przypadków, w których sekwencja referencyjna identyfikująca RNA SARS-CoV-2 pojawia się w jednym mililitrze.
Liczba kopii jest mierzona za pomocą qRT-PCR.
Wskaźnik stężenia wirusa SARS-CoV-2 jest wyrażony jako liczba kopii na mililitr.
Metoda
Próbki :
Monitorowanie ogólnego składu karetki: codziennie dostarczane są 2 próbki po 500 ml ścieków. Próbki te, uśrednione w ciągu 24 godzin, pochodzą odpowiednio z i zgodnie z ogólnym składemsieciSystem oddzielny (RS) i/lub system kombinowany (RU)
Rozkład przestrzenny: Natychmiastowe próbki 500 ml ścieków są pobierane (w ciągu 3 godzin) w określonych punktach poboru. Umożliwiają one podział sieci na sektory zbierania i identyfikację lokalnych trendów.
Analiza
BMPM przeprowadza analizę próbek według następującego procesu:
- wydobycie wirusa,
- amplifikacja przez RT PCR,
- kwantyfikacja przez porównanie z inaktywowanym standardem SARS-CoV-2.
Zastosowana linia kalibracyjna jest następująca:
*Używana kontrola SARS-CoV-2 inaktywowanego 2 x 105cg/ml jest następująca:
EDX SARS-COV-2 Standard (partia 273020, termin ważności 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
W naszych zwrotach zdefiniowano 4 obszary koncentracji:
Zielony: Obszar, na którym wskaźnik nosicielstwa pozostaje niski (mniej niż 0,4% populacji), co odpowiada stężeniom mniejszym lub równym 160 kopii/ml
Kolor żółty: obszar o wysokim poziomie nosicielstwa (co najmniej 0,4% do 1,2% populacji) odpowiadający stężeniom pomiędzy 160 a 480 kopii/ml
Pomarańczowy: Obszar wysokiego występowania (co najmniej 1,2% do 4% populacji) odpowiadający stężeniom pomiędzy 480 a 1600 kopii/ml
Kolor czerwony: Obszar o bardzo wysokim wskaźniku karetek (co najmniej 4% populacji) odpowiadający stężeniom większym lub równym 1600 kopii/ml
Definicja stopy przenoszenia
Na stronieWBE jest potencjalnie solidnym narzędziem do epidemiologicznego monitorowania SARS-CoV-2 / COVID-19. Rzeczywiście, epidemiologiczne monitorowanie ścieków może zapewnić :
przewidywanie ognisk COVID19 trwające od 5 do 6 dni,
oszacowanie liczby ludności dotkniętej epidemiąnawet licząc przypadki bezobjawowe,
możliwość geograficznego zlokalizowania ognisk zakażenia.
Cykl wirusowy COVID19 pozwala na. faza jelitowa, która powoduje uwalnianie wirusa w stolcu (Wölfel i in., 2020).
Klirens SARS-CoV-2 był badany w grupie 9 przypadków i wynosił 107 kopii RNA/g kału tydzień po wystąpieniu objawów i zmniejszył się do 103 kopii RNA/g trzy tygodnie po wystąpieniu objawów.
Do interpretacji podanych danych przyjmiemy wartość107 kopii RNA/g ponieważ monitorujemy nawrót epidemii.
Francuskie Narodowe Towarzystwo Kolo-Proktologii (SNFCP) szacuje, że średnia masa szumowin odrzucanych przez osobę wynosi 150 g/dobę.
Jesteśmy zatem naodcięta 1000 dla dostarczonej tabelii.
Na przykład dla Marsylii :
Sieć separacyjna oznacza produkcję 70 x 106 litrów wody dziennie dla szacowanej liczby ludności wynoszącej około640 tys. mieszkańców. Produkcja ścieków jest więc175 l / mieszkaniec / dzień.
Połączona sieć oznacza produkcję 120 x 106 litrów wody dziennie dla szacowanej liczby ludności wynoszącej ok.360 tys. mieszkańców. Produkcja scieków jest wiec200 l / mieszkańca / dobę.
W tych warunkach próg wykrywalności naszej metody (50 kopii/ml) wynosi więc.0,125 % ludnościdotkniętych SARS COV2, nawet jeśli są bezobjawowe.
Następstwo
Procentowe stężenie wariantów może być również oszacowane przy użyciu następującego wzoru:
