Definitie
De concentratie SARS-CoV-2-virus komt overeen met het aantal voorkomens van de referentiesequentie ter identificatie van SARS-CoV-2 RNA in één milliliter.
Het aantal kopieën wordt gemeten met qRT-PCR.
De SARS-CoV-2 virusconcentratie-indicator wordt uitgedrukt als het aantal kopieën per milliliter.
Methode
Bemonstering :
Controle van de totale transportsnelheid: dagelijks worden 2 monsters van 500 ml afvalwater genomen. Deze monsters, gemiddeld over 24 uur, komen respectievelijk van en volgens de algemene samenstelling van hetnetwerkenAfzonderlijk systeem (RS) en/of gecombineerd systeem (RU)
Ruimtelijke spreiding: Er worden onmiddellijke monsters van 500 ml afvalwater genomen (binnen een periode van 3 uur) op geïdentificeerde bemonsteringspunten. Hierdoor kan het netwerk worden opgesplitst in inzamelingssectoren en kunnen lokale trends worden geïdentificeerd.
Analyse
De BMPM analyseert de monsters volgens het volgende proces:
- virusextractie,
- amplificatie door RT PCR,
- kwantificering door vergelijking met een geïnactiveerde SARS-CoV-2-standaard.
De gebruikte kalibratielijn is als volgt:
*De gebruikte 2 x 105cg/ml geïnactiveerde SARS-CoV-2 controle is als volgt:
EDX SARS-COV-2 standaard (lot 273020, vervaldatum 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
In onze rapporten zijn 4 concentratiegebieden gedefinieerd:
Groen: Gebied waar het dragerschap laag blijft (minder dan 0,4% van de bevolking), wat overeenkomt met concentraties van minder dan of gelijk aan 160 kopieën/ml.
Geel: gebieden met een hoog dragerschap (ten minste 0,4% tot 1,2% van de bevolking), wat overeenkomt met concentraties tussen 160 en 480 kopieën/ml.
Oranje: Gebied met een hoog dragerschapscijfer (ten minste 1,2% tot 4% van de bevolking), wat overeenkomt met concentraties tussen 480 en 1600 kopieën/ml.
Rood: Gebied met een zeer hoog dragerpercentage (ten minste 4% van de populatie), wat overeenkomt met concentraties van 1600 kopieën/ml of meer.
Definitie van de carry rate
LeWBE is een potentieel robuust instrument voor epidemiologische monitoring van SARS-CoV-2 / COVID-19. Epidemiologische monitoring van afvalwater kan helpen om :
5 tot 6 dagen voor COVID19-epidemieën,
een schatting van de door de epidemie getroffen bevolkinginclusief asymptomatische gevallen,
de mogelijkheid om uitbraken van infecties geografisch te lokaliseren.
De virale cyclus van COVID19 laat een enterische fase, die leidt tot het vrijkomen van virussen in de feces (Wölfel et al., 2020).
De eliminatie van SARS-CoV-2 werd bestudeerd in een groep van 9 gevallen en bedroeg 107 RNA kopieën/g feces één week na het begin van de symptomen en daalde tot 103 RNA kopieën/g drie weken na het begin van de symptomen.
Om de verstrekte gegevens te interpreteren, gaan we uit van een waarde van107 RNA-kopieën/g omdat we een opleving van de epidemie in de gaten houden.
De Franse National Society of Colo-Proctology (SNFCP) schat dat het gemiddelde gewicht aan scel dat een individu afstoot 150 g per dag is.
We zijn daarom op eenabscis van 1000 voor de opgegeven tabeli.
Bijvoorbeeld voor Marseille :
Het afzonderlijke netwerk impliceert de productie van 70 x 106 liter water per dag voor een bevolking die wordt geschat op ongeveer640.000 inwoners. De productie van afvalwater is daarom175 l/inwoner/dag.
Het gecombineerde netwerk impliceert de productie van 120 x 106 liter water per dag voor een bevolking die wordt geschat op ongeveer360.000 inwoners. De productie van afvalwater is daarom200 l/inwoner/dag.
Onder deze omstandigheden is de detectiedrempel voor onze methode (50 kopieën/ml) dus0,125 % van de bevolkingaangetast door SARS COV2, zelfs als ze asymptomatisch zijn.
Uitvloeisel
Een procentuele concentratie van varianten kan ook worden geschat met de volgende formule:
