La carica virale non rimane stabile nel tempo. Due fattori principali spiegano il suo deterioramento:

- La temperatura dei flussi di acque reflue

- Tempo di viaggio nelle fogne

In una situazione in cui il flusso delle acque reflue è a una temperatura di 20°C, dovrebbe rimanere almeno il 25% della carica virale, anche in situazioni in cui il tempo medio di percorrenza nella fognatura è lungo (ad esempio 10 h).

Pertanto, la degradazione di tale biomarcatore, corretta per la temperatura, non sarà costante nell'arco di un anno e potrà invece variare in modo significativo.