Definizione
La concentrazione del virus SARS-CoV-2 è il numero di volte in cui la sequenza di riferimento che identifica l'RNA del SARS-CoV-2 compare in un millilitro.
Il numero di copie viene misurato mediante qRT-PCR.
L'indicatore di concentrazione del virus SARS-CoV-2 è espresso come numero di copie per millilitro.
Metodo
Campioni :
Monitoraggio del tasso di trasporto complessivo: vengono forniti 2 campioni di 500 ml di acque reflue al giorno. Questi campioni, mediati nell'arco di 24 ore, provengono rispettivamente da e secondo la costituzione complessiva dellaretiSistema separato (RS) e/o sistema combinato (RU)
Distribuzione spaziale: vengono prelevati campioni istantanei di 500 ml di acque reflue (entro un periodo di 3 ore) in punti di campionamento identificati. Ciò consente di suddividere la rete in settori di raccolta e di individuare le tendenze locali.
Analisi
Il BMPM esegue l'analisi dei campioni secondo il seguente processo:
- estrazione del virus,
- amplificazione mediante RT PCR,
- quantificazione per confronto con uno standard di SARS-CoV-2 inattivato.
La linea di calibrazione utilizzata è la seguente:
*Il controllo SARS-CoV-2 inattivato 2 x 105cg/ml utilizzato è il seguente:
EDX SARS-COV-2 Standard (lotto 273020, scadenza 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
Nelle nostre restituzioni sono state definite 4 aree di concentrazione:
Verde: Area in cui il tasso di trasporto rimane basso (meno dello 0,4% della popolazione), corrispondente a concentrazioni inferiori o uguali a 160 copie/ml.
Giallo: area di elevato carriage (almeno 0,4%-1,2% della popolazione) corrispondente a concentrazioni tra 160 e 480 copie/ml
Arancione: Area di alto trasporto (almeno 1,2%-4% della popolazione) corrispondente a concentrazioni tra 480 e 1600 copie/ml.
Rosso: area con un tasso di carcinosi molto elevato (almeno il 4% della popolazione) corrispondente a concentrazioni maggiori o uguali a 1600 copie/ml
Definizione del tasso di riporto
IlWBE è uno strumento potenzialmente solido per il monitoraggio epidemiologico della SARS-CoV-2 / COVID-19. Infatti, il monitoraggio epidemiologico delle acque reflue può garantire :
un'anticipazione dei focolai di COVID19 di 5-6 giorni,
una stima della popolazione colpita dall'epidemiaanche contando i casi asintomatici,
la possibilità di localizzare geograficamente i focolai di infezione.
Il ciclo virale di COVID19 consente una fase enterica, che comporta il rilascio del virus nelle feci (Wölfel et al., 2020).
La clearance del SARS-CoV-2 è stata studiata in un gruppo di 9 casi, con un valore di 107 copie di RNA/g di feci una settimana dopo l'inizio dei sintomi e un calo a 103 copie di RNA/g tre settimane dopo l'inizio dei sintomi.
Per l'interpretazione dei dati forniti assumeremo un valore di107 copie di RNA/g poiché stiamo monitorando una recrudescenza dell'epidemia.
La Società Nazionale Francese di Colo-Proctologia (SNFCP) stima che il peso medio della feccia rigettata da un individuo sia di 150 g/giorno.
Siamo quindi su unascissa di 1000 per la tabella fornitai.
Ad esempio per Marsiglia :
La rete separativa implica una produzione di 70 x 106 litri d'acqua al giorno per una popolazione stimata di circa640.000 abitanti. La produzione di acque reflue è quindi175 l/abitante/giorno.
La rete combinata implica una produzione di 120 x 106 litri d'acqua al giorno per una popolazione stimata di circa360.000 abitanti. La produzione di acque reflue è quindi200 l/abitante/giorno.
In queste condizioni, la soglia di rilevazione del nostro metodo (50 copie/ml) è quindi0,125 % della popolazionecolpiti dalla SARS COV2 anche se asintomatici.
Corollario
La concentrazione percentuale delle varianti può essere stimata anche con la seguente formula:
