定义
SARS-CoV-2病毒的浓度是指识别SARS-CoV-2 RNA的参考序列在一毫升中出现的次数。
使用qRT-PCR测量拷贝数。
SARS-CoV-2病毒浓度指标以每毫升拷贝数表示。
方法
样品 :
监测整体携带率:每天提供2个500毫升的废水样本。这些样品在24小时内的平均值分别来自于和根据整体构成的网络分开的系统(RS)和/或合并的系统(RU)。
空间分布:在确定的取样点(3小时内)采集500mL的瞬时废水样本。这使得网络可以被分解成不同的收集区,并确定当地的趋势。
分析报告
BMPM按照以下程序对样品进行分析。
- 提取病毒。
- 通过RT PCR进行扩增。
- 通过与灭活的SARS-CoV-2标准比较,进行量化。
使用的校准线如下。
*所用的SARS-CoV-2灭活的2 x 105cg/ml对照品如下。
EDX SARS-COV-2标准品(批号273020,有效期31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
在我们的回报中,定义了4个集中的领域。
绿色:携带率仍然较低的地区(低于人口的0.4%),对应的浓度小于或等于160拷贝/毫升
黄色:高携带率地区(至少占人口的0.4%至1.2%),对应的浓度为160至480拷贝/毫升
橙色:高携带率地区(至少占人口的1.2%至4%),对应的浓度为480至1600拷贝/毫升
红色:携带率非常高的地区(至少占人口的4%),对应的浓度大于或等于1600拷贝/毫升
结转率的定义
ǞǞǞWBE是对SARS-CoV-2 / COVID-19进行流行病学监测的一个潜在的有力工具。事实上,废水的流行病学监测可以确保:
对COVID19爆发的预期为5至6天。
对受该流行病影响的人口的估计即使算上无症状的病例,
在地理上确定感染病灶的可能性。
COVID19的病毒循环允许一个肠道期,导致病毒在粪便中的释放(Wölfel等人, 2020).
在一组9个病例中研究了SARS-CoV-2的清除率,在发病一周后,RNA拷贝/g粪便为107,发病三周后降至103 RNA拷贝/g。
为了解释所提供的数据,我们将取一个值为107个RNA拷贝/克因为我们正在监测该流行病的复发。
法国国家结肠直肠学会(SNFCP)估计,一个人拒绝的浮渣的平均重量为150克/天。
因此,我们正处于一个提供的表格的尾数为1000i.
例如:马赛:
分离式网络意味着每天生产70 x 106升的水,估计人口约为1,000人。640,000名居民.因此,废水的产生是175升/居民/天。
合并后的网络意味着每天生产120 x 106升的水,估计人口约为10万。360,000名居民.因此,废水的产生是200升/居民/天。
在这些条件下,我们方法的检测阈值(50拷贝/毫升)因此是0,125 %的人口受SARS COV2影响,即使没有症状。
推论
也可以用以下公式估计变体的百分比浓度。