Tanım
SARS-CoV-2 virüsü konsantrasyonu, SARS-CoV-2 RNA'yı tanımlayan referans dizinin bir mililitrede görünme sayısıdır.
Kopya sayısı qRT-PCR kullanılarak ölçülür.
SARS-CoV-2 virüs konsantrasyonu göstergesi mililitre başına kopya sayısı olarak ifade edilir.
Yöntem
Örnekler:
Genel taşıma oranının izlenmesi: Her gün 500 ml atık sudan 2 numune alınır. Bu numuneler, 24 saatin ortalaması alınarak, sırasıyla atık suyun genel yapısına göreağlarAyrı sistem (RS) ve/veya birleşik sistem (RU)
Mekansal dağılım: Belirlenen örnekleme noktalarında 500 mL atık sudan anlık numuneler alınır (3 saatlik bir süre içinde). Bunlar, şebekenin toplama sektörlerine ayrılmasına ve yerel eğilimlerin belirlenmesine olanak tanır.
Analiz
BMPM, numunelerin analizini aşağıdaki sürece göre gerçekleştirir:
- Virüsün çıkarılması,
- RT PCR ile amplifikasyon,
- inaktive edilmiş SARS-CoV-2 standardı ile karşılaştırılarak miktar tayini.
Kullanılan kalibrasyon hattı aşağıdaki gibidir:
*Kullanılan SARS-CoV-2 inaktive edilmiş 2 x 105cg/ml kontrol aşağıdaki gibidir:
EDX SARS-COV-2 Standardı (lot 273020, son kullanma tarihi 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, ABD
Geri dönüşlerimizde 4 yoğunlaşma alanı tanımlanmıştır:
Yeşil: Taşıyıcılık oranının düşük kaldığı (nüfusun %0,4'ünden az) ve 160 kopya/ml'ye eşit veya daha düşük konsantrasyonlara karşılık gelen alan
Sarı: 160 ila 480 kopya/ml arasındaki konsantrasyonlara karşılık gelen yüksek taşıyıcılık alanı (nüfusun en az %0,4 ila %1,2'si)
Turuncu: 480 ila 1600 kopya/ml arasındaki konsantrasyonlara karşılık gelen yüksek taşıyıcılık alanı (nüfusun en az %1,2 ila %4'ü)
Kırmızı: 1600 kopya/ml'ye eşit veya daha yüksek konsantrasyonlara karşılık gelen çok yüksek taşıyıcılık oranına (popülasyonun en az %4'ü) sahip alan
Taşıma oranının tanımı
BuWBE SARS-CoV-2 / COVID-19'un epidemiyolojik olarak izlenmesi için potansiyel olarak sağlam bir araçtır. Gerçekten de, atık suyun epidemiyolojik olarak izlenmesi, :
COVID19 salgınları için 5 ila 6 günlük bir beklenti,
salgından etkilenen nüfusa ilişkin bir tahminasemptomatik vakaları da sayarsak,
coğrafi olarak enfeksiyon odaklarının yerini belirleme olasılığı.
COVID19 viral döngüsü bir dışkıda virüs salınımı ile sonuçlanan enterik faz (Wölfel vd., 2020).
SARS-CoV-2 klirensi 9 vakalık bir grupta incelenmiş ve semptomların başlangıcından bir hafta sonra 107 RNA kopya/g dışkı iken semptomların başlangıcından üç hafta sonra 103 RNA kopya/g'a düşmüştür.
Sağlanan verilerin yorumlanması için aşağıdaki değeri alacağız107 RNA kopyası/g çünkü salgının yeniden canlandığını gözlemliyoruz.
Fransız Ulusal Kolo-Proktoloji Derneği (SNFCP), bir birey tarafından reddedilen pisliğin ortalama ağırlığının 150 g/gün olduğunu tahmin etmektedir.
Bu nedenle birsağlanan tablo için 1000'in apsisii.
Örneğin Marsilya için:
Ayrıştırıcı ağ yaklaşık tahmini bir nüfus için günde 70 x 106 litre su üretimi anlamına gelir.640.000 kişi. Bu nedenle atık su üretimi175 l / kişi / gün.
Birleşik ağ yaklaşık tahmini nüfus için günde 120 x 106 litre su üretimi anlamına gelir.360.000 nüfus. Bu nedenle atik su üretimi200 l / kişi / gün.
Bu koşullar altında, yöntemimizin tespit eşiği (50 kopya/ml) şu şekildedir0,125 % nüfusunasemptomatik olsa bile SARS COV2'den etkilenir.
Sonuç
Varyantların yüzde konsantrasyonu da aşağıdaki formül kullanılarak tahmin edilebilir:
