Definition
Koncentrationen av SARS-CoV-2-virus är det antal gånger referenssekvensen som identifierar SARS-CoV-2 RNA förekommer i en milliliter.
Kopieringsantalet mäts med hjälp av qRT-PCR.
Indikatorn för koncentrationen av SARS-CoV-2-virus uttrycks som antal kopior per milliliter.
Metod
Prover :
Övervakning av den totala transporthastigheten: 2 prover om 500 ml avloppsvatten lämnas dagligen. Dessa prover, som är ett genomsnitt över 24 timmar, kommer från respektive enligt den totala sammansättningen avNätverkSeparat system (RS) och/eller kombinerat system (RU)
Rumslig fördelning: Momentana prover på 500 ml avloppsvatten tas (inom en tretimmarsperiod) vid identifierade provtagningspunkter. På så sätt kan nätet delas upp i uppsamlingssektorer och lokala trender identifieras.
Analys
BMPM utför analysen av proverna enligt följande process:
- utvinning av viruset,
- amplifiering genom RT PCR,
- Kvantifiering genom jämförelse med en inaktiverad SARS-CoV-2 standard.
Följande kalibreringslinje används:
*Den inaktiverade SARS-CoV-2-kontrollen på 2 x 105 cg/ml som används är följande:
EDX SARS-COV-2 Standard (parti 273020, utgångsdatum 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
I våra avkastningar definierades fyra koncentrationsområden:
Grönt: Område där andelen smittbärare fortfarande är låg (mindre än 0,4 % av befolkningen), vilket motsvarar koncentrationer som är mindre än eller lika med 160 kopior/ml.
Gult: område med hög smittspridning (minst 0,4 % till 1,2 % av befolkningen) som motsvarar koncentrationer mellan 160 och 480 kopior/ml.
Orange: Område med hög smittspridning (minst 1,2 % till 4 % av befolkningen) som motsvarar koncentrationer mellan 480 och 1600 kopior/ml.
Rött: Område med mycket hög smittfrekvens (minst 4 % av befolkningen) som motsvarar koncentrationer på minst 1600 kopior/ml.
Definition av överföringsräntan
Le WBE är ett potentiellt robust verktyg för epidemiologisk övervakning av SARS-CoV-2/COVID-19. Epidemiologisk övervakning av avloppsvatten kan säkerställa :
en väntan på COVID19-utbrott på 5-6 dagar,
En uppskattning av den befolkning som påverkas av epidemin.även om man räknar med asymtomatiska fall,
Möjligheten att geografiskt lokalisera infektionshärdar.
COVID19:s viruscykel möjliggör en Den enteriska fasen, som leder till att viruset släpps ut i avföringen. (Wölfel et al., 2020).
SARS-CoV-2-clearance undersöktes i en grupp av nio fall och var 107 RNA-kopior/g avföring en vecka efter symtomdebut och minskade till 103 RNA-kopior/g tre veckor efter symtomdebut.
För tolkningen av de inlämnade uppgifterna kommer vi att utgå från ett värde på107 RNA-kopior/g eftersom vi övervakar att epidemin återkommer.
Det franska nationella kolo-proktologisällskapet (SNFCP) uppskattar att den genomsnittliga vikten av det skum som en person stöter bort är 150 g/dag.
Vi befinner oss därför på enabscissa 1000 för den angivna tabellen.i.
Till exempel för Marseille :
Det separativa nätverket innebär en produktion av 70 x 106 liter vatten per dag för en uppskattad befolkning på cirka640 000 invånare. Produktionen av avloppsvatten är därför175 l/invånare/dag.
Det kombinerade nätverket innebär en produktion av 120 x 106 liter vatten per dag för en uppskattad befolkning på cirka360 000 invånare. Produktionen av avloppsvatten är därför200 l/invånare/dag.
Under dessa förhållanden är vår metods detektionströskel (50 kopior/ml) därför följande0,125 % av befolkningenpåverkas av SARS COV2 även om de är symtomfria.
Följdriktighet
Den procentuella koncentrationen av varianter kan också uppskattas med hjälp av följande formel:
