Определение
Концентрация вируса SARS-CoV-2 - это количество раз референсной последовательности, идентифицирующей РНК SARS-CoV-2, в одном миллилитре.
Число копий измеряется с помощью qRT-PCR.
Показатель концентрации вируса SARS-CoV-2 выражается в количестве копий на миллилитр.
Метод
Образцы
Мониторинг общего уровня вынашивания: ежедневно предоставляются 2 образца сточных вод объемом 500 мл. Эти образцы, усредненные за 24 часа, поступают соответственно из и в соответствии с общей конституциейсетиРаздельная система (RS) и/или комбинированная система (RU)
Пространственное распределение: Мгновенные пробы 500 мл сточных вод отбираются (в течение 3 часов) в определенных точках отбора проб. Это позволяет разделить сеть на сектора сбора и выявить местные тенденции.
Анализ
БМПМ проводит анализ образцов в соответствии со следующим процессом:
- извлечение вируса,
- амплификации методом RT PCR,
- количественное определение путем сравнения с инактивированным стандартом SARS-CoV-2.
Калибровочная линия используется следующим образом:
*Использованный инактивированный SARS-CoV-2 контроль 2 x 105cg/мл:
EDX SARS-COV-2 Standard (партия 273020, срок годности 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
В наших возвратах были определены 4 области концентрации:
Зеленый: Область, где уровень носительства остается низким (менее 0,4% населения), что соответствует концентрации менее или равной 160 копий/мл
Желтый: область высокого носительства (не менее 0,4% - 1,2% населения), соответствующая концентрации от 160 до 480 копий/мл
Оранжевый: Область высокого носительства (по крайней мере, от 1,2% до 4% населения), соответствующая концентрации от 480 до 1600 копий/мл
Красный: область с очень высоким уровнем носительства (не менее 4% населения), соответствующая концентрации, превышающей или равной 1600 копий/мл
Определение ставки переноса
СайтWBE является потенциально надежным инструментом для эпидемиологического мониторинга SARS-CoV-2 / COVID-19. Действительно, эпидемиологический мониторинг сточных вод может обеспечить :
ожидание вспышек COVID19 от 5 до 6 дней,
оценка численности населения, пострадавшего от эпидемиидаже с учетом бессимптомных случаев,
возможность географической локализации очагов инфекции.
Вирусный цикл COVID19 позволяет энтеральная фаза, в результате которой вирус выделяется в стул (Wölfel и др., 2020).
Клиренс SARS-CoV-2 был изучен в группе из 9 случаев и составил 107 РНК копий/г фекалий через неделю после начала симптомов и снизился до 103 РНК копий/г через три недели после начала симптомов.
Для интерпретации представленных данных примем значение107 копий РНК/г поскольку мы следим за возобновлением эпидемии.
По оценкам Французского национального общества колопроктологии (SNFCP), средний вес отбросов, отторгаемых человеком, составляет 150 г в день.
Поэтому мы находимся наабсцисса 1000 для представленной таблицыi.
Например, для Марселя :
Сепаративная сеть предполагает производство 70 х 106 литров воды в день для населения численностью около640 000 жителей. Таким образом, производство сточных вод175 л/жителя/день.
Объединенная сеть предполагает производство 120 х 106 литров воды в день для населения численностью около360 000 жителей. Таким образом, производство сточных вод200 л/жителя/сутки.
В этих условиях порог обнаружения нашего метода (50 копий/мл), таким образом, составляет0,125 % населенияпораженных атипичной пневмонией COV2 даже при бессимптомном течении.
Следствие
Процентную концентрацию вариантов можно также оценить по следующей формуле:
