Definição
A concentração do vírus SARS-CoV-2 é o número de vezes que a sequência de referência que identifica o RNA SARS-CoV-2 aparece em um mililitro.
O número de cópias é medido utilizando o qRT-PCR.
O indicador de concentração do vírus SARS-CoV-2 é expresso como número de cópia por mililitro.
Método
Amostras :
Monitorização da taxa global de transporte: 2 amostras de 500 ml de águas residuais são fornecidas diariamente. Estas amostras, com uma média de 24 horas, provêm respectivamente de e de acordo com a constituição global doredesSistema separado (RS) e/ou sistema combinado (RU)
Distribuição espacial: São recolhidas amostras instantâneas de 500mL de águas residuais (num período de 3 horas) em pontos de amostragem identificados. Estes permitem a decomposição da rede em sectores de recolha e a identificação de tendências locais.
Análise
O BMPM efectua a análise das amostras de acordo com o seguinte processo:
- extracção do vírus,
- amplificação por RT PCR,
- quantificação por comparação com uma norma SRA-CoV-2 inactivada.
A linha de calibração utilizada é a seguinte:
*O controlo SRA-CoV-2 inactivado 2 x 105cg/ml utilizado é o seguinte:
EDX SARS-COV-2 Standard (lote 273020, expiração 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
Nos nossos retornos, foram definidas 4 áreas de concentração:
Verde: Área onde a taxa de transporte permanece baixa (menos de 0,4% da população) correspondendo a concentrações inferiores ou iguais a 160 exemplares/ml
Amarelo: área de transporte elevado (pelo menos 0,4% a 1,2% da população) correspondente a concentrações entre 160 e 480 exemplares/ml
Laranja: Área de transporte elevado (pelo menos 1,2% a 4% da população) correspondente a concentrações entre 480 e 1600 exemplares/ml
Vermelho: Área com uma taxa de transporte muito elevada (pelo menos 4% da população) correspondente a concentrações superiores ou iguais a 1600 exemplares/ml
Definição da taxa de transporte
OWBE é uma ferramenta potencialmente robusta para a monitorização epidemiológica da SRA-CoV-2 / COVID-19. De facto, a monitorização epidemiológica das águas residuais pode assegurar :
uma antecipação dos surtos de COVID19 de 5 a 6 dias,
uma estimativa da população afectada pela epidemiamesmo contando casos assintomáticos,
a possibilidade de localizar geograficamente focos de infecção.
O ciclo viral COVID19 permite um fase entérica, que resulta na libertação de vírus nas fezes (Wölfel et al., 2020).
A depuração SRA-CoV-2 foi estudada num grupo de 9 casos, e foi de 107 cópias de RNA/g de fezes uma semana após o início dos sintomas e diminuiu para 103 cópias de RNA/g três semanas após o início dos sintomas.
Para a interpretação dos dados fornecidos, tomaremos um valor de107 cópias de RNA/g uma vez que estamos a acompanhar o ressurgimento da epidemia.
A Sociedade Nacional Francesa de Colo-Proctologia (SNFCP) estima que o peso médio da escória rejeitada por um indivíduo é de 150 g/dia.
Estamos, portanto, numabcissa de 1000 para a mesa fornecidai.
Por exemplo, para Marselha :
A rede separativa implica uma produção de 70 x 106 litros de água por dia para uma população estimada de cerca de640.000 habitantes. A produção de águas residuais é portanto175 l / habitante / dia.
A rede combinada implica uma produção de 120 x 106 litros de água por dia para uma população estimada de cerca de360.000 habitantes. A produção de águas residuais é portanto200 l / habitante / dia.
Nestas condições, o limiar de detecção do nosso método (50 cópias/ml) é portanto0,125 % da populaçãoafectado pela SRA COV2, mesmo que assintomático.
Corolário
Uma concentração percentual de variantes também pode ser estimada utilizando a seguinte fórmula:
