Definisjon
Konsentrasjonen av SARS-CoV-2-virus er antall ganger referansesekvensen som identifiserer SARS-CoV-2-RNA forekommer i én milliliter.
Kopitallet måles ved hjelp av qRT-PCR.
SARS-CoV-2-viruskonsentrasjonsindikatoren uttrykkes som antall kopier per milliliter.
Metode
Eksempler :
Overvåking av den samlede transporthastigheten: 2 prøver på 500 ml avløpsvann leveres daglig. Disse prøvene, beregnet som gjennomsnitt over 24 timer, kommer henholdsvis fra og i henhold til den generelle sammensetningen avnettverkSeparat system (RS) og/eller kombinert system (RU)
Romlig fordeling: Øyeblikkelige prøver på 500 ml avløpsvann tas (i løpet av en 3-timers periode) ved identifiserte prøvetakingspunkter. Disse gjør det mulig å dele opp nettverket i innsamlingssektorer og identifisere lokale trender.
Analyse
BMPM utfører analysen av prøvene i henhold til følgende prosess:
- ekstraksjon av viruset,
- amplifikasjon ved RT PCR,
- kvantifisering ved sammenligning med en inaktivert SARS-CoV-2-standard.
Kalibreringslinjen som brukes er som følger:
*Den SARS-CoV-2 inaktiverte 2 x 105cg/ml-kontrollen som brukes er som følger:
EDX SARS-COV-2 Standard (lot 273020, utløpsdato 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
I returene våre ble det definert 4 konsentrasjonsområder:
Grønt: Område der forekomsten fortsatt er lav (mindre enn 0,4 % av befolkningen), tilsvarende konsentrasjoner mindre enn eller lik 160 kopier/ml.
Gult: område med høy forekomst (minst 0,4 % til 1,2 % av befolkningen) tilsvarende konsentrasjoner mellom 160 og 480 kopier/ml.
Oransje: Område med høy forekomst (minst 1,2 % til 4 % av befolkningen) tilsvarende konsentrasjoner mellom 480 og 1600 kopier/ml.
Rødt: Område med svært høy bærerrate (minst 4 % av befolkningen) tilsvarende konsentrasjoner større enn eller lik 1600 kopier/ml.
Definisjon av bæresats
DenWBE er et potensielt robust verktøy for epidemiologisk overvåking av SARS-CoV-2 / COVID-19. Epidemiologisk overvåking av avløpsvann kan faktisk sikre :
en forventning om COVID19-utbrudd på 5 til 6 dager,
et anslag over hvor stor del av befolkningen som er berørt av epidemienselv med asymptomatiske tilfeller,
muligheten for geografisk lokalisering av infeksjonsfokus.
COVID19-virussyklusen gir mulighet for en enterisk fase, som resulterer i frigjøring av virus i avføringen (Wölfel et al., 2020).
SARS-CoV-2-clearance ble undersøkt i en gruppe på 9 tilfeller, og var 107 RNA-kopier/g feces en uke etter symptomdebut og sank til 103 RNA-kopier/g tre uker etter symptomdebut.
For tolkningen av de oppgitte dataene vil vi ta en verdi på107 RNA-kopier/g mens vi overvåker en gjenoppblomstring av epidemien.
Den franske nasjonale foreningen for koloproktologi (SNFCP) anslår at den gjennomsnittlige vekten av avføring som utstøtes av en person, er 150 g per dag.
Vi er derfor på enabscisse på 1000 for den oppgitte tabelleni.
For eksempel for Marseille :
Det separative nettverket innebærer en produksjon på 70 x 106 liter vann per dag for en estimert befolkning på ca.640 000 innbyggere. Produksjonen av avløpsvann er derfor175 l / innbygger / dag.
Det kombinerte nettverket innebærer en produksjon på 120 x 106 liter vann per dag for en anslått befolkning på ca.360 000 innbyggere. Produksjonen av avløpsvann er derfor200 l / innbygger / dag.
Under disse betingelsene er deteksjonsgrensen for vår metode (50 kopier/ml) derfor0,125 % av befolkningenpåvirket av SARS COV2 selv om de er asymptomatiske.
Følgelig
En prosentvis konsentrasjon av varianter kan også estimeres ved hjelp av følgende formel:
