Définition
La concentration en virus SARS-CoV-2 correspond au nombre d'apparition de la séquence de référence identifiant l'ARN de SARS-CoV-2 dans un millilitre.
Le nombre de copies est mesuré à l'aide d'un qRT-PCR.
L'indicateur de concentration en virus SARS-CoV-2 s'exprime en nombre de copies par millilitre.
Méthode
Prélèvements :
Suivi du taux de portage global : 2 prélèvements de 500 ml d’eaux usées sont fournis quotidiennement. Ces prélèvements, moyennés sur 24 heures, proviennent respectivement et selon la constitution globale des réseaux : du réseau séparatif (RS) et/ou du réseau unitaire (noté RU)
Distribution spatiale : Des prélèvements instantanés de 500mL d'eaux usées sont effectués (dans un créneaux de 3H) selon des points de prélèvements identifiés. Ceux-ci permettent de découper le réseau en secteurs de collecte et de dégager des tendances locales.
Analyses
Le BMPM effectue l’analyse des échantillons selon le processus suivant :
- extraction du virus,
- amplification par RT PCR,
- quantification par comparaison à un étalon de SARS-CoV-2 inactivé.
La droite d’étalonnage utilisée est la suivante :
*Le contrôle de SARS-CoV-2 inactivé à 2 x 105cg/ml utilisé est le suivant :
EDX SARS-COV-2 Standard (lot 273020, expiration 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
Dans nos restitutions, 4 zones de concentration ont été définis :
Vert : Zone où le taux de portage reste faible (moins de 0,4 % de la population) correspondant à des concentrations inférieures ou égales à 160 copies/ml
Jaune : zone où le taux de portage est important (au moins de 0,4 % à 1,2 % de la population) correspondant à des concentrations comprises entre 160 et 480 copies/ml
Orange : Zone où le taux de portage est fort (au moins de 1,2 % à 4 % de la population) correspondant à des concentrations comprises entre 480 et 1600 copies/ml
Rouge : Zone où le taux de portage est très important (au moins 4 % de la population) correspondant à des concentrations supérieures ou égales à 1600 copies/ml
Définition du taux de portage
Le WBE est un outil potentiellement robuste pour le suivi épidémiologique du SARS-CoV-2 / COVID-19. En effet, le suivi épidémiologique des eaux usées peut permettre d’assurer :
une anticipation des épidémies de la COVID19 de 5 à 6 jours,
une estimation de la population impactée par l’épidémie en comptabilisant même les cas asymptomatiques,
une possibilité de localiser géographiquement des foyers d’infection.
Le cycle viral de la COVID19 admet une phase entérique qui aboutit à la libération de virus dans les selles (Wölfel et al., 2020).
L'élimination du SARS-CoV-2 a été étudiée dans un groupe de 9 cas, et était de 107 copies d'ARN / g de matières fécales une semaine après le début des symptômes et a diminué à 103 copies d’ARN/g trois semaines après l'apparition des symptômes.
Pour l’interprétation des données fournies nous prendrons une valeur de 107 copies d'ARN/g puisque nous surveillons une reprise d’épidémie.
La société Nationale Française de Colo-Proctologie (SNFCP) évalue à 150 g/jour le poids moyen en scelle rejetée par un individu.
Nous sommes donc sur une abscisse de 1000 pour le tableau fourni.
Par exemple pour Marseille :
Le réseau séparatif implique une production de 70 x 106 litres d’eau par jour pour une population estimée à environ 640 000 habitants. La production d’eau usée est donc de 175 l / habitant / jour.
Le réseau unitaire implique une production de 120 x 106 litres d’eau par jour pour une population estimée à environ 360 000 habitants. La production d’eau usée est donc de 200 l / habitant / jour.
Dans ces conditions, le seuil de détection de notre méthode (50 copies/ml) est donc de 0,125 % de la population atteinte par le SARS COV2 même de façon asymptomatique.
Corollaire
On peut également estimer un pourcentage de concentration en variants grâce à la formule suivante :
