• Définition

      La concentration en virus SARS-CoV-2 correspond au nombre d'apparition de la séquence de référence identifiant l'ARN de SARS-CoV-2 dans un millilitre.

      Le nombre de copies est mesuré à l'aide d'un qRT-PCR.

      L'indicateur de concentration en virus SARS-CoV-2 s'exprime en nombre de copies par millilitre.

      Méthode

      Prélèvements :

      • Suivi du taux de portage global : 2 prélèvements de 500 ml d’eaux usées sont fournis quotidiennement. Ces prélèvements, moyennés sur 24 heures, proviennent respectivement et selon la constitution globale des réseaux : du réseau séparatif (RS) et/ou du réseau unitaire (noté RU)

      • Distribution spatiale : Des prélèvements instantanés de 500mL d'eaux usées sont effectués (dans un créneaux de 3H) selon des points de prélèvements identifiés. Ceux-ci permettent de découper le réseau en secteurs de collecte et de dégager des tendances locales.

      Analyses

      Le BMPM effectue l’analyse des échantillons selon le processus suivant :

      - extraction du virus,

      - amplification par RT PCR,

      - quantification par comparaison à un étalon de SARS-CoV-2 inactivé.

      La droite d’étalonnage utilisée est la suivante :

      *Le contrôle de SARS-CoV-2 inactivé à 2 x 105cg/ml utilisé est le suivant :

      EDX SARS-COV-2 Standard (lot 273020, expiration 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA

      *Le contrôle de SARS-CoV-2 inactivé à 2 x 105cg/ml utilisé est le suivant :  EDX SARS-COV-2 Standard (lot 273020, expiration 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA

      Dans nos restitutions, 4 zones de concentration ont été définis :

      • Vert : Zone où le taux de portage reste faible (moins de 0,4 % de la population) correspondant à des concentrations inférieures ou égales à 160 copies/ml

    • Jaune : zone où le taux de portage est important (au moins de 0,4 % à 1,2 % de la population) correspondant à des concentrations comprises entre 160 et 480 copies/ml

    • Orange : Zone où le taux de portage est fort (au moins de 1,2 % à 4 % de la population) correspondant à des concentrations comprises entre 480 et 1600 copies/ml

  • Rouge : Zone où le taux de portage est très important (au moins 4 % de la population) correspondant à des concentrations supérieures ou égales à 1600 copies/ml

Définition du taux de portage

Le WBE est un outil potentiellement robuste pour le suivi épidémiologique du SARS-CoV-2 / COVID-19. En effet, le suivi épidémiologique des eaux usées peut permettre d’assurer :

  • une anticipation des épidémies de la COVID19 de 5 à 6 jours,

  • une estimation de la population impactée par l’épidémie en comptabilisant même les cas asymptomatiques,

  • une possibilité de localiser géographiquement des foyers d’infection.

Le cycle viral de la COVID19 admet une phase entérique qui aboutit à la libération de virus dans les selles (Wölfel et al., 2020).

L'élimination du SARS-CoV-2 a été étudiée dans un groupe de 9 cas, et était de 107 copies d'ARN / g de matières fécales une semaine après le début des symptômes et a diminué à 103 copies d’ARN/g trois semaines après l'apparition des symptômes.

Pour l’interprétation des données fournies nous prendrons une valeur de 107 copies d'ARN/g puisque nous surveillons une reprise d’épidémie.

La société Nationale Française de Colo-Proctologie (SNFCP) évalue à 150 g/jour le poids moyen en scelle rejetée par un individu.

Nous sommes donc sur une abscisse de 1000 pour le tableau fourni.

Par exemple pour Marseille :

Le réseau séparatif implique une production de 70 x 106 litres d’eau par jour pour une population estimée à environ 640 000 habitants. La production d’eau usée est donc de 175 l / habitant / jour.

Le réseau unitaire implique une production de 120 x 106 litres d’eau par jour pour une population estimée à environ 360 000 habitants. La production d’eau usée est donc de 200 l / habitant / jour.

Dans ces conditions, le seuil de détection de notre méthode (50 copies/ml) est donc de 0,125 % de la population atteinte par le SARS COV2 même de façon asymptomatique.

Corollaire

On peut également estimer un pourcentage de concentration en variants grâce à la formule suivante :

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