Definición
La concentración del virus SARS-CoV-2 es el número de veces que aparece la secuencia de referencia que identifica el ARN del SARS-CoV-2 en un mililitro.
El número de copias se mide mediante qRT-PCR.
El indicador de concentración del virus SARS-CoV-2 se expresa en número de copias por mililitro.
Método
Muestras :
Seguimiento de la tasa de transporte global: se suministran 2 muestras diarias de 500 ml de aguas residuales. Estas muestras, promediadas en 24 horas, proceden respectivamente de y según la constitución global delredesSistema separado (RS) y/o sistema combinado (RU)
Distribución espacial: se toman muestras instantáneas de 500 ml de aguas residuales (en un periodo de 3 horas) en puntos de muestreo identificados. Esto permite desglosar la red en sectores de recogida e identificar tendencias locales.
Análisis
El BMPM lleva a cabo el análisis de las muestras de acuerdo con el siguiente proceso:
- extracción del virus,
- amplificación por RT PCR,
- cuantificación por comparación con un estándar de SARS-CoV-2 inactivado.
La línea de calibración utilizada es la siguiente:
*El control SARS-CoV-2 inactivado 2 x 105cg/ml utilizado es el siguiente:
EDX SARS-COV-2 Standard (lote 273020, caducidad 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, EE.UU.
En nuestras devoluciones, se definieron 4 áreas de concentración:
Verde: zona en la que la tasa de portadores sigue siendo baja (menos del 0,4% de la población), correspondiente a concentraciones inferiores o iguales a 160 copias/ml.
Amarillo: zona de alta carga (al menos entre el 0,4% y el 1,2% de la población) correspondiente a concentraciones entre 160 y 480 copias/ml.
Naranja: Zona de alta carga (al menos entre el 1,2% y el 4% de la población) correspondiente a concentraciones entre 480 y 1600 copias/ml.
Rojo: Zona con una tasa de portadores muy elevada (al menos el 4% de la población) correspondiente a concentraciones superiores o iguales a 1600 copias/ml.
Definición del carry rate
EnWBE es una herramienta potencialmente sólida para la vigilancia epidemiológica del SARS-CoV-2 / COVID-19. De hecho, la vigilancia epidemiológica de las aguas residuales puede garantizar :
una anticipación de los brotes de COVID19 de 5 a 6 días,
una estimación de la población afectada por la epidemiaincluso contando los casos asintomáticos,
la posibilidad de localizar geográficamente los focos de infección.
El ciclo viral de COVID19 permite fase entérica, que provoca la liberación del virus en las heces (Wölfel et al., 2020).
Se estudió el aclaramiento del SARS-CoV-2 en un grupo de 9 casos, y fue de 107 copias/g de ARN en heces una semana después del inicio de los síntomas y disminuyó a 103 copias/g de ARN tres semanas después del inicio de los síntomas.
Para la interpretación de los datos proporcionados tomaremos un valor de107 copias de ARN/g ya que estamos vigilando un rebrote de la epidemia.
La Sociedad Nacional Francesa de Colo-Proctología (SNFCP) estima que el peso medio de las escorias rechazadas por un individuo es de 150 g/día.
Por lo tanto, estamosabscisa de 1000 para la tabla proporcionadai.
Por ejemplo, para Marsella :
La red separativa implica una producción de 70 x 106 litros de agua al día para una población estimada de unos640.000 habitantes. Por lo tanto, la producción de aguas residuales175 l / habitante / día.
La red combinada implica una producción de 120 x 106 litros de agua al día para una población estimada de unos360.000 habitantes. Por lo tanto, la producción de aguas residuales200 l / habitante / día.
En estas condiciones, el umbral de detección de nuestro método (50 copias/ml) es por lo tanto0,125 % de la poblaciónafectados por el SARS COV2 aunque sean asintomáticos.
Corolario
También se puede estimar un porcentaje de concentración de variantes mediante la siguiente fórmula:
