Definition
Die Konzentration des SARS-CoV-2-Virus entspricht der Anzahl des Auftretens der Referenzsequenz, die die SARS-CoV-2-RNA identifiziert, in einem Milliliter.
Die Anzahl der Kopien wird mithilfe einer qRT-PCR gemessen.
Der Indikator für die SARS-CoV-2-Viruskonzentration wird als Anzahl der Kopien pro Milliliter ausgedrückt.
Methode
Probenahmen :
Überwachung der Gesamtübertragungsrate: Täglich werden zwei Proben von 500 ml Abwasser entnommen. Diese über 24 Stunden gemittelten Proben stammen jeweils und entsprechend der Gesamtkonstitution derNetzwerkeDie meisten Menschen sind in der Lage, sich selbst zu versorgen: vom Trennsystem (RS) und/oder vom Einheitsnetz (RU).
Räumliche Verteilung: Es werden sofort 500mL Abwasser entnommen (innerhalb von 3 Stunden), die an bestimmten Stellen entnommen werden. Diese ermöglichen es, das Netzwerk in Sammelsektoren zu unterteilen und lokale Trends zu erkennen.
Analysen
Das BMPM führt die Analyse der Proben nach folgendem Verfahren durch:
- Extraktion des Virus,
- Amplifikation durch RT-PCR,
- Quantifizierung durch Vergleich mit einem inaktivierten SARS-CoV-2-Standard.
Die verwendete Kalibrierungsgerade ist wie folgt:
*Die verwendete inaktivierte SARS-CoV-2-Kontrolle mit 2 x 105cg/ml ist wie folgt:
EDX SARS-COV-2 Standard (Los 273020, Ablaufdatum 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
In unseren Erstattungen wurden 4 Konzentrationszonen definiert:
Grün: Gebiet, in dem die Trägerrate niedrig bleibt (weniger als 0,4 % der Bevölkerung), was Konzentrationen von 160 Kopien/ml oder weniger entspricht.
Gelb: Bereich mit hoher Trägerrate (mindestens 0,4 % bis 1,2 % der Bevölkerung), der Konzentrationen zwischen 160 und 480 Kopien/ml entspricht.
Orange: Bereich mit hoher Trägerrate (mindestens 1,2 % bis 4 % der Bevölkerung) entsprechend einer Konzentration zwischen 480 und 1600 Kopien/ml
Rot: Gebiet mit einer sehr hohen Trägerrate (mindestens 4 % der Bevölkerung) entsprechend einer Konzentration von 1600 Kopien/ml oder mehr
Definition der Carry Rate
DieWBE ist ein potenziell robustes Instrument für die epidemiologische Überwachung von SARS-CoV-2 / COVID-19. In der Tat kann die epidemiologische Überwachung von Abwasser :
eine Vorwegnahme von COVID19-Ausbrüchen um 5 bis 6 Tage,
eine Schätzung der von der Epidemie betroffenen Bevölkerungdurch Zählung auch der asymptomatischen Fälle,
eine Möglichkeit zur geografischen Lokalisierung von Infektionsherden.
Der Viralzyklus von COVID19 lässt eine enterische Phase, die zur Freisetzung von Viren im Stuhl führt (Wölfel et al., 2020).
Die Ausscheidung von SARS-CoV-2 wurde in einer Gruppe von 9 Fällen untersucht und betrug 107 RNA-Kopien / g Fäkalien eine Woche nach Beginn der Symptome und sank auf 103 RNA-Kopien / g drei Wochen nach dem Auftreten der Symptome.
Für die Interpretation der gelieferten Daten nehmen wir einen Wert von107 RNA-Kopien/g da wir ein Wiederaufflammen der Epidemie beobachten.
Die Société Nationale Française de Colo-Proctologie (SNFCP) schätzt, dass ein Mensch durchschnittlich 150 g/Tag an Stuhlgang ausscheidet.
Wir befinden uns also auf einemAbszisse von 1000 für die Tabelle lieferti.
Zum Beispiel für Marseille :
Das Trennungsnetz bedeutet eine Produktion von 70 x 106 Litern Wasser pro Tag für eine geschätzte Bevölkerung von ca.640.000 Einwohner. Die Abwasserproduktion beträgt also175 l / Einwohner / Tag.
Das Einheitsnetz bedeutet eine Produktion von 120 x 106 Litern Wasser pro Tag für eine geschätzte Bevölkerung von etwa360.000 Einwohner. Die Abwasserproduktion beträgt also200 l / Einwohner / Tag.
Unter diesen Bedingungen liegt die Nachweisgrenze unserer Methode (50 Kopien/ml) also bei0,125 % der BevölkerungBefall mit SARS COV2 auch asymptomatisch.
Folgerung
Man kann auch eine prozentuale Konzentration von Varianten mithilfe der folgenden Formel schätzen:
