Definition
Koncentrationen af SARS-CoV-2-virus er det antal gange, som referencesekvensen, der identificerer SARS-CoV-2-RNA, forekommer i en milliliter.
Kopiantal måles ved hjælp af qRT-PCR.
Indikatoren for SARS-CoV-2-viruskoncentrationen udtrykkes som antal kopier pr. milliliter.
Metode
Prøver :
Overvågning af den samlede transporthastighed: Der udtages 2 prøver på 500 ml spildevand dagligt. Disse prøver, som er et gennemsnit over 24 timer, kommer henholdsvis fra og i henhold til den samlede sammensætning afnetværkSeparat system (RS) og/eller kombineret system (RU)
Rumlig fordeling: Der udtages øjeblikkelige prøver på 500 ml spildevand (inden for en 3-timers periode) på identificerede prøveudtagningssteder. Disse gør det muligt at opdele nettet i opsamlingssektorer og at identificere lokale tendenser.
Analyse
BMPM udfører analysen af prøverne efter følgende fremgangsmåde:
- udvinding af virus,
- amplifikation ved RT PCR,
- kvantificering ved sammenligning med en inaktiveret SARS-CoV-2 standard.
Den anvendte kalibreringslinje er som følger:
*Den anvendte SARS-CoV-2 inaktiverede 2 x 105cg/ml kontrol er som følger:
EDX SARS-COV-2 Standard (parti 273020, udløbsdato 31-01-2020) Exact Diagnostics, FORTWORTH.TX, USA
I vores afkast blev der defineret 4 koncentrationsområder:
Grønt: Område, hvor antallet af smittebærere fortsat er lavt (mindre end 0,4 % af befolkningen), svarende til koncentrationer på højst 160 kopier/ml
Gult: område med høj carriage (mindst 0,4 % til 1,2 % af befolkningen) svarende til koncentrationer mellem 160 og 480 kopier/ml
Orange: Område med høj carriage (mindst 1,2 % til 4 % af befolkningen) svarende til koncentrationer mellem 480 og 1600 kopier/ml
Rødt: Område med en meget høj carriage rate (mindst 4 % af populationen) svarende til koncentrationer på 1600 kopier/ml eller derover
Definition af carry rate
Le WBE er et potentielt robust redskab til epidemiologisk overvågning af SARS-CoV-2/COVID-19. Epidemiologisk overvågning af spildevand kan nemlig sikre :
en forventning om udbrud af COVID19 på 5-6 dage,
et skøn over den befolkning, der er berørt af epidemienselv medregning af asymptomatiske tilfælde,
muligheden for geografisk at lokalisere infektionsstederne.
COVID19-viralcyklussen giver mulighed for en enterisk fase, som resulterer i frigivelse af virus i afføringen (Wölfel et al., 2020).
SARS-CoV-2-clearance blev undersøgt i en gruppe på 9 tilfælde og var 107 RNA-kopier/g fæces en uge efter symptomdebut og faldt til 103 RNA-kopier/g tre uger efter symptomdebut.
Ved fortolkningen af de forelagte data vil vi tage en værdi på107 RNA-kopier/g da vi overvåger en genopblussen af epidemien.
Det franske nationale selskab for kolo-proctologi (SNFCP) anslår, at den gennemsnitlige vægt af det afstødte skum, som en person udskiller, er 150 g pr. dag.
Vi er derfor på enabscisse på 1000 for den angivne tabeli.
For eksempel for Marseille :
Det separative netværk indebærer en produktion på 70 x 106 liter vand om dagen for en anslået befolkning på ca.640.000 indbyggere. Spildevandsproduktionen er derfor175 l / indbygger / dag.
Det kombinerede netværk indebærer en produktion på 120 x 106 liter vand om dagen for en anslået befolkning på ca.360.000 indbyggere. Spildevandsproduktionen er derfor200 l / indbygger / dag.
Under disse betingelser er vores metodes detektionsgrænse (50 kopier/ml) derfor0,125 % af befolkningenramt af SARS COV2, selv om de er asymptomatiske.
Konsekvens
En procentvis koncentration af varianter kan også anslås ved hjælp af følgende formel:
